1.理清文章的层次，保持思路通畅。其实从主副标题方面就可以简单看出文章的思路与层次。另外，一些文章需要从内容去把握，因为没有副标题。确定文章的基本逻辑关系为“提出问题，分析问题，解决问题”;确定全文的布局、层次和段落的安排合乎条理;明确各段落的分论点;适当增删内容，达到全文意思上连贯通畅。
2.实现结构的完整性。从绪论 、本论、结论三大部分分别入手，协调一致，开头能引人入胜，中间论据有材料要充分有力，结尾要主题鲜明。同时还要分清各部分的详略主次得当 。
3.实现结构的严密性。SCI论文的论点论据及大小论点的严密性逻辑性要求很高，不仅需要整体宏观把握，还要注重细节，适当增删是必要的。
创新性是论文的生命力之所在。当然，对于大多数无太多经费和太长时间接人研究的作者来说，在某一领域要有首次发现基本上是不可能的;所以只要利用新规律、新见解、新发现来解决本专业的实际问题或者是对现有的实验方法有所提高，也可以属于创新之列。不一定要执着于首次的发现，其他的新规律、新见解都属于创新的一项，故而对论文创新性的修改应该以实际为准，以文章的“新”为主。
最后，我们需要注意的是在修改论文的时候一些不可忽略的细节。
1、以摘要代替前言。摘要动辄几百个字，充斥着各种实验方法和数据。有些作者特别喜欢罗列数字，让人看得头晕眼花。而到了正文的前言部分，反倒惜墨如金，几十个字了事。这样的前言作为摘要的背景部分还差不多。多数期刊要求摘要限制在250个单词以内，作者必须以最简洁的语句阐明文章的背景、主要内容和意义。而前言则应回顾研究背景，提出问题或假说。很多中文作者对此没有理解，只是简单的说明研究目的，而对研究背景和问题不加理会。
2、滥用缩写而不予介绍。有些作者似乎以多用缩写为荣，以此来显示文章的高水平。而且使用了缩写也不予以介绍其全称，让读者去猜。其实应该尽量减少缩写的使用。特别是不要自己创造新的缩写，除非的确非常有必要。
3、结果部分不是结果。一些初入科学殿堂的作者，好不容易做出些结果，敝帚自珍。几乎把文章的结果部分写成了实验记录，囊括了细胞培养照片、质粒酶切电泳，甚至固定动物的架子。其实这些“结果”并不是实验数据，而只是中间过程。
4、讨论空洞无物。讨论部分很多作者常见的问题是，要么重复前言，要么重复结果。总之就是不给你讨论。讨论部分应该把本研究的结果与他人研究结果进行比较，发现异同并加以探讨说明。临床研究特别要注意是否有limitation，并进行充分讨论。
5、语言是表达思想的工具，要使论文写得准确、简洁、生动，就不得不在语言运用上反复推敲修改。论文的语言修改，主要是在三方面下功夫：一是表达清楚而简练，用最少的文字说明尽可能多的问题，是一篇高质量论文必不可少的条件。为了使文章精练，必须把啰嗦、重复的地方，改为精练、简洁的文字;二是文字表达的准确性。为了语言的准确性，就要把似是而非的话，改为准确的文字;三是语言的可读性，为了语言的可读性，要把平淡的改为鲜明，把拗口的改为流畅，把刻板的改为生动，把隐晦的改为明快，把含混、笼统的改为清晰、具体。
为了使语言准确、简洁、生动，不能不锤炼字句，而锤炼字句，必须要有正确的指导思想。对语言的锤炼加工，目的是为了更好地表情达意，所以锤炼不能脱离内容的需要，去孤立地雕琢文词，追求华丽。这是在指导思想上必须明确的。另外，在修改中要注意以下四个方面：
第一，要尽可能利用准确、生动、简洁的语言，对生造词语、词类误用、词义混乱等用词不当、词不达意的毛病，要坚决改掉，坚决消灭错别字和不规范的简化字、自造词。鲁迅说他自己写文章“不生造除自己之外，谁也不懂的形容词之类”，“只有自己懂得或连自己也不懂的生造出来的字句，是不大用的”。同样在论文的撰写过程中，词语要用通俗易懂的，自己随意组造的词语要尽量避免出现。
第二，对结构残缺、结构混乱、搭配不当等不合语法的句子，要注意改正，使之合乎语言规范。杜甫说：“为人性僻耽佳句，语不惊人死不休”。唐代作家皮日休说：“百炼成字，千炼成句”。字句要好，就必须反复锤炼、反复琢磨修改。对于那些基本的语句语病，我们要尽量的避免。
第三，要注意句子之间的逻辑联系，力求上下贯通，语气一致，通顺流畅。逻辑不通，则论文不通，论文看着都别扭就更别说别人能同意你的观点，认同你的思维。
第四，检查标点、规范书写。标点符号是文章的构成要素之一，是文章的有机组成部分，用得恰当，能够准确地表达内容;反之，就会影响内容的表达，甚至产生歧义。检查标点符号，主要是看标点符号的用法是否正确，以及调整点错位置的标点符号。修改时，要按约定俗成的用法，严格按规定的格式进行书写。另外，修改时，一定要把潦草的字和不规范的字改正，抄写时要书写工整、字迹清楚。还有，在修改中，对论文中的图表、符号、公式要检查，要合乎规范，对比较复杂的容易出错的，更应仔细校正。
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